بعد وفاة البابا ميخائيل الرابع خلا الكرسي البطريركي مدة سنتين وشهرين وثمانية أيام واجتمع الأساقفة بعد هذه المدة الطويلة مع أراخنة الشعب للاهتمام باختيار بطريرك لرئاسة الكرسي الإسكندري وطال البحث في ذلك إلى أن اهتدى المجمع إلى اختيار الراهب حنا المحرقاوي الذي من نقادة وأقاموه بطريركًا باسم يوحنا الثاني عشر في 23 برمودة سنة 1196 ش الموافق 18 أبريل سنة 1480 م في عهد الأشرف قايتباي أبي النصر.

 وقد أقام يوحنا الثاني عشر على الكرسي البطريركي مدة ثلاث سنوات وأربعة أشهر وتسعة عشر يومًا وعاصر السلطان قايتباي أبا النصر الأشرف. وفي يوم 7 توت سنة 1200 ش الموافق 5 سبتمبر سنة 1483 م انتقل من هذا العالم البابا يوحنا ودفن في بابليون الدرج وظل الكرسي بعده خاليًا مدة خمسة أشهر وخمسة أيام.