البابا يؤنس الرابع عشر البطريرك الـ96. وهو من منفلوط ويعرف باسم يؤنس المنفلوطي تَرَهَّب بدير البراموس بوادي النطرون وكُرِّسَ بطريركًا في عهد السلطان سليم الثاني العثماني في 22 برمودة سنة 1287 ش. (17 أبريل سنة 1571 م.) وفي أيامه لبس المسيحيون العمائم السوداء وقد وردت إليه رسالة من بابا رومية (جرجوار 13) ورد عليه الجواب. وقد طلب إليه السلطان سليم جمع الجزية من المسيحيين فلم يتخلف أحد منهم عن الدفع ثم توجه إلى الإسكندرية ولما عاد شعر بضعف 

وفي عهده عاد بابا روما يحاول ضم كنيسة الإسكندرية إليه، مستغلًا اضطهاد العثمانيين للأقباط بشكل كبر، وتفضل كاثوليك روما عليهم، فأرسل إليهم بعض رجاله واجتمعوا بالبابا يوحنا وكان شيخا متواضعًا محبًا للسلام، وعرضوا عليه حمايتهم له وللأقباط من العثمانيين مقابل أن يخضع لسلطان كنيسة روما، ويبقى هو بطريركًا على الأمة كما هو.

فجمع الأساقفة وأخبرهم بأمر بابا روما، وببساطة ابدوا ارتياحهم إلى الاتحاد بين الطوائف، ولكن لما انعقد المجمع وسمع الأساقفة آراء نواب أسقف روما، هاجموا وعارضوا ذلك معارضة شديدة وصرخوا في وجه وفد روما شاهدين بإيمان آبائهم. ونظرا لشيخوخة البطريرك يوحنا وبساطته كان يميل إلى حماية الكاثوليك، إلا أن الأساقفة وقفوا ضد هذه الرغبة وتوفي البطريرك في هذه الأيام وطويت هذه الصفحة.