البابا مرقس السادس البطريرك الإسكندري (101) وهو يعرف بمرقس البهجوري لأنه من بهجورة وَتَرَهَّب بدير القديس أنطونيوس. ولما توفي البابا متاؤس الثاني البطريرك المائة اتفق المعلم بشارة المتقدم علي الأراخنة في ذلك العصر هو وجماعة المصريين علي رسامة هذا الأب، وترأس احتفال الرسامة الأنبا خرستوذولو أسقف بيت المقدس في يوم الأحد 15 برمودة سنة 1362 ش. ( 20 أبريل سنة 1646 م.) ودعي مرقس السادس وبعد رسامته وقع خلاف كبير بينه وبين المعلم بشارة. ومن أعمال هذا البابا المأثورة أنه أصدر أمرًا للرهبان بمنعهم من الإقامة في العالم وبعودتهم جميعا إلى أديرتهم فغضب الرهبان من هذا الأمر ولم يوافقوا عليه وامتنعوا عن العمل به وتحرك أحد الرهبان المدعو قدسي فرفع للباشا عريضة ضد البطريرك ادعي فيها بأنه يمد الناس بالفلقة ويقتلهم بها فاهتم الوالي بالشكوى وأمر بكشف الحقيقة وعند التحقيق أنكر الراهب موضوع الشكوى وظهرت براءة البابا من التهمة الواردة في عريضة الشكوى ولكنه غرم بغرامة دفعها عنه أكابر الدولة وفي 21 طوبة سنة 1365 ش. نودي بأن لا يركب النصارى خيولًا ولا يلبسوا قفاطين حمراء ولا طواقي جوخ حمراء ولا مراكيب وإنما يلبسون قفاطين زرقاء طول الواحدة عشرون ذراعًا.

وسافر البطريرك إلى الصعيد وأقام هناك أربع سنوات جمع أثناءها أموالًا طائلة وكان أحمق جدًا حتى ضج من أعماله سائر الناس والأساقفة والقسوس والأراخنة واستمرت العداوة قائمة بينه وبين المعلم بشارة حتى عاد إلى مصر فاصطلح معه واستقام أمره بعد ذلك. ومن أعماله أنه قام ببناء قاعة الصلاة بدير الراهبات بكنيسة العذراء بحارة زويلة عثر علي خمس أوان من الزجاج ملآنة بالميرون المقدس كما أنه عثر أيضًا علي زقين آخرين وهي من ذخائر العصور القديمة فوضع الكل بأعلى مخزن المهمات الكائن فوق مدفن البابا يؤنس الثالث عشر البطريرك (94) بكنيسة العذراء بحارة زويلة.

وقد توفي هذا البابا يوم 15 برمودة سنة 1272 ش. (20 أبريل سنة 1656 م.) ودفن بكنيسة أبي سيفين بمصر القديمة بعد أن أقام علي الكرسي عشرة أعوام كاملة وقد عاصر كلا من السلطان إبراهيم الأول والسلطان محمد الرابع وخلا الكرسي بعده أربع سنوات وسبعة شهور وستة عشر يومًا نفعنا الله ببركاته ولربنا المجد دائما. آمين.