البابا بطرس السادس البطريرك 104 في سنة 1442 ش. (2 أبريل سنة 1726 م.) وكان هذا الأب من أسيوط. وكان اسمه مرجان ولكنه اشتهر باسم بطرس الأسيوطي فيما بعد.

واشتاق إلى سيرة الرهبنة. فمضى إلى دير القديس العظيم أنطونيوس بالعربة فمكث فيه وَتَرَهَّب ولبس الزيّ الرهباني وأجهد نفسه في العبادة ولما نجح في الفضيلة والحياة النسكية والطهارة والتواضع اختاره الآباء الرهبان قسا. فأخذوه رغم إرادته وقاموا به إلى مصر ورسم قسا علي دير القديس العظيم أنبا بولا أول السواح. هو وكهنة آخرون من يد البابا يؤنس الطوخي البطريرك (103) في كنيسة  السيدة العذراء بحارة الروم فزاد في الفضيلة وشاع ذكره بين الناس.

ولما توفي البابا يؤنس المذكور وخلا الكرسي بعده مدة شهرين وستة أيام لبثوا يبحثون عمن يصلح لهذه الرتبة الجليلة فاختاروا بعض الكهنة والرهبان وكتبوا أسماءهم في وريقات وضعوها علي المذبح وأقاموا القداس. وفي ثالث يوم وقعت القرعة على هذا الأب ورسم بطريركا علي الكرسي المرقسي في يوم الأحد 17 مسرى سنة 1434 ش. (21 أغسطس سنة 1718 م.) في كنيسة القديس مرقوريوس أبى سيفين بمصر القديمة وكان فرح عظيم بإقامته. وحضر رسامته الشعب المسيحي وبعض من الإفرنج والروم والأرمن وطائفة من العسكر.

ثم بعد ذلك مضى إلى بلاد الوجه البحري وافتقد الكنائس ووصل الإسكندرية لزيارة كنيسة مار مرقس الإنجيلي لها في 11 برمودة سنة 1438 ش. واهتم هناك بإصلاحات معمارية داخل الكنيسة وقبل الرأس المقدسة الطاهرة. ولما أراد الرجوع علم أن جماعة بالإسكندرية تكلموا علي الرأس المقدسة فأخفاها في الدير من ذلك الوقت. ثم قدم قنديلًا من الفضة هدية وأسرجه علي قبر البشير. كما أحاطه بحجاب له طاقات تطل علي الداخل ومضى إلى الوجهين البحري والقبلي وفرح به أهل كوره مصر.

وفي أيام هذا البابا حضر جماعة من الكهنة والشمامسة من قبل سلطان أثيوبيا ومعهم هدايا فاخرة مع مرسوم من الملك يطلب مطرانا فتشاور في الأمر مع المعلم لطف الله أبو يوسف كبير الأراخنة في القاهرة وباقي أراخنة الشعب علي أبينا المكرم خرستوذلو أسقف القدس الشريف فأمسكوه ورسموه مطرانًا لأنه كان خبيرًا كاملًا ومعلمًا عالمًا وحبرًا فاضلًا فمضوا به فرحين مسرورين. ودعى خرستوذلو الثالث وتولى هذه الابرشية من سنة 1720 م. إلى 1742 م. ورسم الأنبا أثناسيوس أسقفًا علي أورشليم وقد شيدت في مدة رئاسة هذا البابا كنائس كثيرة وكرست بيده المباركة ومن بينها كنيسة دير العدوية علي البحر جهة المعادى التي جددها المعلم مرقورة الشهير بديك أبيض وكنيسة الملاك ميخائيل القبلي بجهة بابلون وكنيسة مارمينا العجايبي بفم الخليج بمصر عمرهما الثرى الشهير والارخن الكبير المعلم لطف الله يوسف من جيبه الخاص. وبسبب هذا التجديد غرمه الوزير أربعين كيسا من المال دفعها له من ماله كما قام هذا المحسن الكريم أثناء نظارته علي دير القديس أنطونيوس ببناء كنيسة آبائنا الرسل وكرسها مع كنيسة أنبا مرقس بالدير المذكور لأنه كان مملوءا غيرة واهتماما بشئون أمته وكنيسته القبطية وقام أيضا بتحمل مصاريف حفلة إقامة تنصيب البطريرك علي نفقته الخاصة.

وانقضت أيامًا هذا البابا في هدوء واطمئنان وكان يعمل علي تنفيذ القوانين الكنسية، فأبطل الطلاق لأي سبب ومضى لهذا الغرض إلى الوالي ابن ايواز وباحث علماء الإسلام فكتبوا له فتاوى وفرمانًا من الوزير بأن عدم الطلاق لا يسرى إلا علي الدين المسيحي دون غيره وأنه ليس لأحد أن يعارضه في أحكامه. فأمر الكهنة أن لا يعقدوا زواجًا إلا علي يده في قلايته بعدما اعترضه رجل ابن قسيس كان طلق امرأته وتزوج غيرها بدون علمه، فأمر بإحضاره فيفصل بينهما فأبى ولم يحضر فحرمه هو وزوجته وأبيه القمص. فمات هذا الرجل بعد أن تهرأ فمه وذاب لسانه وسقطت أسنانه. أما أباه فاستغفر وأخذ الحل من البابا ومات.

رعى هذا البابا رعية المسيح رعاية صالحة. ولما أكمل سعيه مرض قليلا وتوفي  في يوم 26 برمهات سنة 1442 ش. في الصوم الكبير ووضع جسده في مقبرة الآباء البطاركة بكنيسة  مرقوريوس أبى سيفين بمصر القديمة. وأقام علي الكرسي مدة 7 سنين و7 أشهر و11 يومًا. وكان عمره ستة وأربعين سنة تقريبا وعاصر السلطان احمد الثالث العثماني وخلا الكرسي بعده تسعة أشهر وأحد عشر يومًا.

وفي سنة وفاة هذا البابا وقع وباء الطاعون في البلاد مع قحط شديد وتنيَّح قسوس كثيرون وأساقفة ووقع الموت علي الناس من الإسكندرية إلى أسوان واضطر الناس إلى ترك الزرع حتى صاروا يدفنون في الحصر من قلة الأكفان. وفي تلك السنة تلفت زراعة القمح في وادي النيل ولم يسد حاجة البلاد ووقع القحط والغلاء.