ولد هذا الأب في مدينة تزمنت بمحافظة بني سويف سنة 1831 م. من أبوين تقيين فسمياه يوحنا وربياه أحسن تربية وأنشأه علي الآداب المسيحية وكان ذا ميل شديد إلى الدراسة في الكتاب المقدس وأخبار القديسين.وفي سنة 1843 م. رُسِمَ شماسًا وهو ابن اثنتي عشرة سنة فقام بخدمة الشماسية خير قيام. ولما كان ميالًا بطبعه الفطري إلى الزهد والتقشف وحب الوحدة فقد ترك العالم وقصد دير السيدة العذراء الشهير بالسريان بوادي النطرون، وهناك تتلمذ للأب الشيخ الروحي القمص جرجس الفار أب اعتراف الرهبان وعلم أبوه بمكانه فحضر إليه وأخذه ولكن حب النسك الذي كان متملكًا عليه لم يدعه يلبث قليلا فعاد إلى البرية وترهب في دير البرموس سنة 1850 م. فأحسن القيام بواجبات الرهبنة واشتهر بالنسك والعفة والحلم حتى أصبح قدوة صالحة لسائر الرهبان فرسموه قسا سنة 1851 م. ثم قمصا سنة 1852 م. وكان عدد الرهبان  في ذلك الوقت قليلًا جدًا وإيراد الدير يكاد يكون معدومًا فكان هذا الأب يكد ويجد في نسخ الكتب وتقديمها للكنائس ويصرف ثمنها علي طلبات الرهبان من أكل وكسوة وذاعت فضائله من علم وحلم وتقوي فرسم بطريركًا في 23 بابه سنة 1591 ش. (أول نوفمبر سنة 1874 م.) باحتفال مهيب فوجه عنايته إلى الاهتمام ببناء الكنائس وتجديد الأديرة والعطف علي الفقراء والعناية بشئون الرهبان. وفي سنة 1892 م. فضل أن يُنْفَي من أن يفرط في أملاك الرهبان، كما نٌفِيَ معه الأنبا يؤنس مطران البحيرة والمنوفية ووكيل الكرازة المرقسية وقتئذ وبعد ذلك عاد الاثنان من منفاهما بإكرام واحترام زائدين.

وقد ازدانت الكنيسة في عصره بالقديسين والعلماء: منهم الأب العظيم رجل الطهر والوداعة والإحسان الأنبا ابرآم مطران كرسي الفيوم هذا الحبر الذي بلغت فضائله حدًا بعيدًا من الذيوع والانتشار وبلغ من تناهيه في الإحسان علي الفقراء وذوى الحاجات أنه لم يكن يدخر نقودًا بل كان كل ما يقدمه له أهل الخير يوزعه علي المحتاجين وله من العجائب التي أجراها في إخراج الشياطين وشفاء المرضي الشيء الكثير.

ومن العلماء الأب اللاهوتي الخطير والخطيب القدير الايغومانس فيلوثاؤس ابراهيم الطنطاوي رئيس الكنيسة المرقسية الكبرى والأب العالم الجليل والراهب الناسك الزاهد القمص عبد المسيح صليب البرموسي الذي كان ملما إلماما تاما باللغات القبطية والحبشية واليونانية والسريانية وقليل من الفرنسية والإنجليزية وقد تحلي بصبر لا يجاري في البحث والتنقيب في ثنايا الكتب الدينية فترك مؤلفات ثمينة تنطق بفضله.

وقد اتخذ البابا كيرلس المرحوم حبيب جرجس الذي كان مديرًا للكية الإكليريكية شماسا له: فكرس حياته للكلية ونهض بها وساعد البابا في توسيع مبانيها بمهمشة وكان البابا يزورها ليبارك طلبتها وكان هذا الشماس واعظًا قديرًا رافق البابا في رحلاته إلى الصعيد والسودان وقام بترجمة الكتب الدينية من اللغات الأجنبية إلى العربية وأصدر مجلة الكرمة لنشر الحقائق الإيمانية بأسلوب إيجابي. وألف كتبا كثيرة منها: كتاب أسرار الكنيسة السبعة وكتاب عزاء المؤمنين وسر التقوى وغيرها وقد علم وربي أجيالا كثيرة من رجال الدين الذين نهضوا بالكنيسة وملأوا منابرها بالوعظ وإصدار المؤلفات الدينية. وقد بذل البابا البطريرك أقصي جهده في النهوض بشعبه إلى أرقي مستوي كما أهتم بطبع الكتب الكنسيَّة. 

ثار رهبان دير المحرق على رئيسهم القمص عبد المسيح الهوري سنه 1857 ووفدوا إلى القاهرة برئاسة القمص عبد المسيح جرجس المسعودي مطالبين بعزل الهورى، ولما حقق البابا كيرلس الرابع في شكواهم ووجدها بسيطة لا تستحق كل هذه الثورة، لطم زعيمهم على وجهه وأمره بالتوجه إلى دير البراموس، فسار إلى هناك ومعه كل من القمص حنس والقمص ميساك والقمص ميخائيل الاشقاوي وغيرهم.

ثم ثار رهبان نفس الدير مرة أخرى في سنه 1870 وعزلوا رئيسهم القمص بولس غبريال الدلجاوى الذي هاجر بعدها إلى دير البراموس سنة 1871 ومعه مجموعة من خلصائه القمامصة، واستقبلهم هناك القمص يوحنا الناسخ، وأحبهم ولم يعاملهم كضيوف أتوا ليقيموا بشكل مؤقت بل حسبهم أخوته، لهم كافة الحقوق كرهبان الدير البراموسيون، وأشركهم معه في شئون الدير وتنمية موارده المادية والروحية.

حتى أنه لما جاء بطريركًا فيما بعد لم ينسى هؤلاء الرهبان المهاجرين، بل قدَّر أتعابهم وأفسح لهم مجال الخدمة، فجعل القمص عبد المسيح المسعودي أبًا لرهبان دير البراموس، ورفع عددا منهم إلى رتبة الأسقفية.

بعد وفاة البابا ديمتريوس اجتمع الأساقفة مع وجهاء الشعب الأرثوذكسي، وقرروا تعيين مطران البحيرة ووكيل الكرازة المرقسية نائبًا بطريركيًا إلى أن يتفقوا على اختيار بطريرك جديد، إلا أن هذا المطران لم يقنع بهذا المنصب المؤقت بل طمع في المنصب بشكل دائم، فرشح نفسه بطريركًا، ولكي يكسب عطف الشعب، شكل لهم مجلسًا مليًا من أربعة وعشرين عضوا واعتمده من الخديوي بقرار حكومي صدر في 29 يناير 1874.

وكان هذا المطران يخطو بثقة، بل أن وهبة الجيزاوي كبير كتاب المالية آنذاك استطاع أن يقنع الخديوي بصلاحيته دون غيره للكرسي البطريركي، فأخذ إسماعيل باشا برأيه، واظهر استعداده له متى اجتمعت كلمه الأقباط عليه.

إلا أن الأساقفة برئاسة الأنبا ايساك أسقف البهسنا والفيوم زاروا وهبه بك هذا في داره، وافهموه أنهم اتفقوا جميعًا على ترشيح القمص حنا الناسخ البراموس بطريركا، وأنهم لن يرضوا غيره بديلًا، كما حملوه بلهجة شديدة مسئولية تأخير الرسامة، وما يترتب عليها من سوء العواقب تضر بالأمة القبطية وبالكنيسة والشعب، وقالوا له أنه قد مات أساقفة قسقام ومنفلوط وأسيوط وقنا واسنا والخرطوم وإنهم يخشون من تأخر الرسامة أكثر من ذلك فلا يجدون فيما بعد العدد الكافي من الأساقفة لتنصيب البطريرك، وصارت مشكلة بين وهبه بك والأنبا ايساك، وما لبث أن مات وهبه بك من الحزن لما فعل، كما حزن إسماعيل باشا على وهبه بك فأرجأ إصدار أمر عال بالرسامة.

إلا أنه في هذا الوقت كانت الكنيسة الحبشية – الاثيوبية -  تعانى من بعض المشاكل التي لا يمكن حلها إلا عن طريق البطريرك، لهذا وسط النجاش قنصل روسيا لكي يتدخل ويعجل برسامة بطريرك في مصر عند الباب العالي في الأستانة، وبعد أن درس الباب العالي القضية في الديوان العثماني بالأستانة، كتب السلطان يتعجل الخديوي في سيامة البطريرك، فلم يجد إسماعيل باشا بدا من التنفيذ بان أعطى الحكومة أمرًا بهذا.

وعليه التمس الشعب القبطي رسامة القس يوحنا، طلب من المقام الخديوي عن طريق المجلس الملّي إحضاره بمساعدة الحكومة لرسمه بطريركًا، فتم ذلك، وكلفت الحكومة مدير أمن البحيرة بإحضاره، فحضر القمص يوحنا إلى القاهرة وانتخبه البطاركة والأساقفة الأعيان بطريركا للكرازة المرقسية في 23 بابة 1591، 1 نوفمبر 1874 باحتفال كبير حضره كبار رجال الأمة والرؤساء الروحيون وكان ذلك في الكنيسة الكبرى في الأزبكية.

كثرت أعماله الإصلاحية ومساعدة طبقات شعبه المحتاجة، فشيد تعوزا في كل دير من أديرة القاهرة ومصر القديمة وشيد ثلاثة عشر كنيسة بمصر والخرطوم والجيزة منها: كنيسة مارمرقس بالجيزة 1877، وكنيسة الملاك غبريال بحارة السقايين 1881، وكنيسة العذراء بالفجالة 1884، وجددت كنيسة الملاك البحري 1895، وشيدت كنيسة العذراء بحلوان 1897 ووضع أساس كنيسة مارمرقس بالخرطوم في 27 مارس 1904، وأساس مدرسة بولاق القبطية الصناعة في 25 يونية 1904، وانتظمت في عهده كنيسة الرسولين بطرس وبولس بالعباسية سنه 1912 وكنيسة الشهيدة دميانة ببولاق 1912، ومار مرقس بمصر الجديدة 1922 والعذراء بشارع مسرة بشبرا 1924 وغيرها من الكنائس..

كما بدأ أيامه باستكمال الكاتدرائية المرقسية الكبرى بالأزبكية، ولم يهمل أديرة الراهبات كدير أبو سيفين بمصر القديمة وديريّ العذراء ومارى جرجس بحارة زويلة، كما كان يعطف على المتبتلات بهذه الأديرة ويجود عليهم من جيبه الخاص وحسن أحوالهم.

أنشا تسع مدارس بالقاهرة والجيزة منها المدرسة الإكليريكية ومدرسة البنات بالأزبكية واشترى السراي الكائنة بمهمشة حيث المدرسة الإكليريكية كما اشترى خمسمائة فدان مما زاد معه إيراد البطريركية وارتفع قدر الأمة القبطية في عهده، فانتشرت الحرية، واتسع نطاق العمل وعم العلم، وأنشئت مدارس للرهبان.

وفي هذا نعتمد على ما ورد في كتاب يوسف بك منقريوس "القول اليقين في مسألة الأقباط الأرثوذكسيين":

"لما ارتقى غبطة البطريرك كرسي البطريركية، وضع مع أعضاء المجلس حسب روايتهم لائحة تقضي بوجوب نظر المجلس في مصالح الكنائس وأحوالها وفي المدارس والأوقاف والفقراء والأحوال الشخصية، ورسامة القسس وغير ذلك، والتمس البابا البطريرك من الحكومة التصديق على اللائحة فصدقت عليها بتاريخ 14 مايو سنه 1883، إلا أن هذه اللائحة كانت حبرا على ورق، لأن أعضاء المجلس لم يهتموا بشيء ولم يوجهوا نظرهم للاهتمام بما يستدعى جهادهم، ولبث مجلسهم ينحل شيئا فشيئًا حتى فارق الحياة.

وبعد مدة تحرك بعض أبناء الأمة، فطلبوا من غبطة البطريرك تشكيل المجلس فأبى أن يجيبهم بدون تعديل اللائحة وحذف ما فيها مما يخل بالسلطة، فلم يقبلوا بل رفعوا أمرهم إلى الخديوي، وكان وقتئذ توفيق باشا، وعزموا على عقد اجتماع لإعادة الانتخاب، فكتب البابا كيرلس يحيط مجلس النظار علما بالمسألة، وطلب منع ذلك الاجتماع فمُنِع.

ثم استدعى البابا كيرلس المطارنة والأساقفة وكبار القسوس من كل الجهات وعقد بهم مجمعا إكليريكيًا، أصدروا فيه قرارًا يقضي بضرورة عدم تدخل أحد من الشعب في تدبير أمور الكنيسة ومتعلقاتها.

وحمل البابا كيرلس ونيافة الأنبا يؤانس مطران الإسكندرية هذا القرار إلى توفيق باشا ورفعاه إليه فوعد بالمساعدة، وقضى البابا بالإسكندرية مدة شهرين ما فتئ فيها أعضاء المجلس يسعون ليحققوا أغراضهم، غير أنهم لما قابلوا توفيق باشا أدركوا استحالة عدم فعل شيء بدون رضاء البابا كيرلس، فأكرهوا على ملاطفته ومحاسنته، ولما رجع من الإسكندرية استقبل استقبالا فخما.

وكان المرحوم بطرس غالى باشا بأوربا في أثناء هذه الحوادث، وحضر بعد ذلك فألقى إليه توفيق باشا متعالية المسألة وكلفة بحسم هذه المشاكل، فوبخ أبناء الطائفة، وأرغمهم على كل الصفح من غبطة البابا، وانتهت المسالة على ما يرام، واهتم البابا بعد ذلك من تلقاء نفسه بتعليم الرهبان ونشر المعارف وتشييد المدارس في البلاد، حتى أصيب بمرض فانطلق إلى دير العريان ترويحًا للنفس مدة.

وعقب ذلك تأسست جمعية التوفيق، وحررت نشرة تطلب فيها ضرورة الإنفاق من ريع الأوقاف على ترقية المدارس، وتسهيل وسائط التربية العالمية لأبناء الأمة، فتعرض لهذه النشرة بعضهم يفندها ويكشف أغلاطها، وأعقبت النشرة بنشرة أخرى طلب فيها تعيين مرتب للإكليروس القبطي أسوة بإكليروس باقي الطوائف، فأظهر الجميع موافقتهم على هذا الرأي لتأكدهم بأنه سر نجاح وتقدم إكليروسنا. ثم كتب نشرة أخرى بضرورة إعادة تشكيل المجلس الملي، ثارت عليها الجمعية الأرثوذكسية، واحتدم الجدال بين الفريقين مدة ما.

وفي خلال تلك المناظرات استدعى بطرس باشا غالى نيافة الأنبا يؤانس مطران إسكندرية إلى القاهرة وكلفه أن يبلغ غبطة البطريرك بأن الأمة ترغب في إنشاء مجلس ملى، فرد البابا برضاء عن تشكيل مجلس إذا عدلت اللائحة القديمة، فأبى بطرس باشا تغير اللائحة وأصر البابا على طلبه، ولما كانت جمعية التوفيق قد تحدت غبطة البابا بكلام لم تضع في الاعتبار فيه مركزه الديني، كتب للديوان الخديوي بطلب منعها فلم يرد عليه، وكان بطرس باشا عازما على السفر إلى أوربا وتقابل مع الخديوي ليأخذ منه إذنا بالسفر فذكر أمامه النزاع الطائفي الحاصل، فأجابه بطرس باشا بأنه لا يمكن أن يهدأ ما لم يشكل المجلس فصدر الأمر لبطرس باشا بتأخير سفره ليسعى في تشكيل المجلس.

وأبلغ البابا كيرلس هذا القرار نفسه، وفي مساء ذلك اليوم استدعى نحو خمسمائة نفس من رجال الطائفة بدعوة موقع عليها من بطرس غالي باشا بصفته نائب مجلس الأمة لإجراء انتخاب المجلس.

وفي الغد قصد بطرس غالي الدار البطريركية تتبعه عساكر البوليس ومنع الدخول إلى البطريركية وصرف التلاميذ وطرد الخدم وضبطت أبواب الدار البطريركية، فأرسل البطريرك يستنجد بالمعية السنية فلم ترد عليه، والناس حيارى لا يعرفون ماذا يتم، وبعد الظهر جاءت جنود أخرى، وأقبل محافظ القاهرة وطلب من غبطة البطريرك أن يقبل الرئاسة على الانتخاب فأبى، فقام المحافظ إلى المجلس المعد للانتخاب بالمدرسة الكبرى وافتتح الحفلة باسم الحفرة الفخيمة وبدأ بالانتخاب".

وحدث بعد ظهور نتائج الانتخاب أن أخطر البطريرك الخديوي بأن ما حدث كان بغير إرادته ولا يوافق عليه بأي حال كان، وانتهز البابا فرصة عيد الأضحى فذهب مع بعض المطارنة لتهنئة سموّه بالعيد وأحاطه علما بما جرى، إلا أن الخديوي رفض مقابلتهم وأعلمهم فيما بعد عن طريق ديوانه، أن وقته لا يسمح بمناقشة البطريرك، وإن كان له على أحد شيء فليدفع شكواه إلى جهات الاختصاص.

اجتمع مجلس أعلى بعد أن اعترفت الحكومة بقانونية انتخابه وحاول اكتساب رضاء البطريرك أو التفاهم معه فلم يوفق، فاصدر قرار برفع يد البابا عن المجلس وكافة الشئون الطائفية وعرض هذا القرار على مجلس النظار فوافق عليه في يونية 1892 وعبثًا حاول البطريرك أن يقنع الحكومة بأنه المسئول الأول عن إدارة الكنيسة.

رأى المجلس بعد إعفاء البطريرك من مهامه أن يقنع أحد الأساقفة بقبول رئاسة المجلس وإدارة البطريركية، وفاوض في ذلك الأنبا مكاريوس أسقف الخرطوم والنوبة، والأنبا ابرام أسقف الفيوم والجيزة، ولكنهما امتنعا، فاتجهوا إلى الأنبا أثناسيوس أسقف صنبو وقسقام، فسافر إليه مقار باشا عبد الشهيد وعرض عليه هذه المسئولية، فاظهر الأسقف تجاوبا مع المجلس، وبعد التفاهم على نقاط معينة عاد مقار باشا إلى القاهرة، وأذاع المجلس بيانا في 26 أغسطس 1892 أعلن فيه نبأ قبول أسقف صنبو لمطالب المجلس بالنيابة عن البطريرك .

فلما علم البطريرك بالخطوات التي اتخذها أسقف صنبو وانه الآن في طريقة إلى القاهرة أبرق إلى الأنبا يوساب أسقف بني سويف وكلفة أن يقابله عند وقوف القطار في بنى سويف ويبلغه حرم البطريرك له وكذلك حرم المجمع المقدس، فنفذ الأسقف أمر البطريرك ولكن الأنبا أثناسيوس لم يعبأ بالحرم وواصل سفره إلى القاهرة وعندما وصل إلى العاصمة توجه مع مرافقيه إلى البطريركية، ولكن المُوالين للبطريرك من الكهنة والخدم أوصدوا الأبواب في وجوههم ولم يمكنوهم من الدخول، فتوجه الأسقف إلى منزل عوض بك سعد الله ونزل به ضيفا إلى أن تمكن أتباعه من اقتحام البطريركية، ولكن البابا وقتئذ كان في الإسكندرية فقد عقد مجمعا من الأساقفة وكبار الكهنة وكرر قطع الأنبا أثناسيوس وحرمه.

ولما رأى أعضاء المجلس الملي أن وجود البطريرك بالإسكندرية بجانب الأنبا يؤانس مطران البحيرة ووكيل الكرازة المرقسية يعطل إجراءاتهم اجتمعوا في 31 أغسطس 1892 وشغلوا مجلسا زوجيا من القمص بشاى راعى كنيسة العذراء بحارة زويلة والقمص جرجس بشاي كنيسة الدمشيرية والقمص بولس جرجس وكيل قضايا البطريركية، واتفق المجلسان الملي والروحي على إبعاد البطريرك إلى دير البراموس والأنبا يؤانس إلى دير الأنبا بولا، ورفعوا القرار إلى مجلس النظار فأقره سريعًا، وفي صباح الخميس أول سبتمبر 1892 توجه محافظ الإسكندرية إلى البطريرك وأعلمه بهذا الأمر فقبله البابا عن طيب خاطر ووعد بالسفر في اليوم التالي، وهكذا كان الأمر مع الأنبا يؤانس.

وفي صباح يوم الجمعة 2 سبتمبر 1892، غادر البابا المقر البطريركي بالإسكندرية وتوجه إلى قرية المطرانة من أعمال مركز كوم حماده، كما سافر في نفس الوقت الأنبا يؤانس إلى مدينة بوش ومنها إلى دير الأنبا بولا.

وبعد نفي البابا إلى دير البرموس قام أعضاء المجلس الملي بمساعدة رجال الشرطة باقتحام الدار البطريركية، ومكنوا الأنبا أثناسيوس أسقف صنبو من دخولها عنوة، وفي يوم الأحد 4 سبتمبر 1892 تجاسر الأسقف ورفع السرائر المقدسة في الكاتدرائية رغم حرمه من البابا.

وقد وقعت أثناء القداس أمور غير عادية تشاءم منها الكثيرون بأن انقلبت الصينية فتأثر الشعب.

ولما وجد الغيورون من الشعب أن حالة الكنيسة بعد غياب البطريرك يسير من سيء إلى أسوأ قدموا عرائض استرحام إلى المقام الخديوي، واشترك معهم أساقفة الأقاليم، وبعد مقابلات مع الخديوي ومصطفي باشا فهمي ناظر النظار، أصدر الخديوي أمرًا خديويا في 20 يناير 1893 بعودة البابا والأنبا يؤانس.

وفي يوم السبت 4 فبراير استقبلت الجماهير البطريرك في محطة العاصمة بكل الفرح والبهجة وبعد عشرة أيام من وصوله جاء بطرس باشا لزيارته ومعه الأنبا أثناسيوس والأساقفة والكهنة الذين ساعدوه واعتذروا للبابا على ما صدر منهم فصفح عنهم ومنحهم الحل والبركة ونصحهم ألا يعودوا لمثل ذلك مرة أخرى، ولما رأت الحكومة أن السلام لا يتم في الكنيسة القبطية إلا بترضية البابا والاعتراف بطاقة حقوقه كمسئول أعلى، عادت وأصدرت أمرًا بإرجاع الإدارة الدينية والمالية إلى غبطته، على أن يتصرف بالطرق الودية حتى تتوحد الصفوف، إكليروسًا وشعبًا. وعندما ترضت النفوس نسبيا، اتفق البابا مع بطرس باشا على تشكيل المجلس الملي للمرة الرابعة فانتخب الشعب مجلسه من أعضاء ونواب، وصدر مرسوم من الدولة باعتمادهم رسميا في أول مارس 1906، ولكن الهيئة الجديدة أخذت تضرب على النغمة القديمة، فلم ينسجم البابا معها وتنحى عن رئاسة المجلس الملي وفوض لإدارة جلساته القمص بطرس عبد الملك رئيس الكنيسة المرقسية الكبرى.

بعد أن استقرت الأوضاع تفرغ البابا لافتقاد شعبه، فقام برحلات طويلة في الوجه القبلي سنه 1954 ورحل إلى أسوان، ثم زار السودان ووضع حجر الأساس لكنيسة مارمرقص بالخرطوم، وقام برحلة للسودان مرة أخرى سنة 1909.

دعا أعيان الأقباط في الوجهين البحري والقبلي إلى عقد مؤتمر لبحث مشاكلهم الداخلية والاجتماعية ومساواتهم بمواطنيهم في كافة الحقوق الوطنية والإدارية، واستقروا أن يكون في أسيوط وخشى البطريرك من وقوع فتنه طائفية يدرها الاستعمار، فكتب للأنبا مكاريوس مطران أسيوط يحذره من هذا الأمر، وحضَّ في كتابة على استعمال الحكمة والتروي حتى لا يحدث ما لا تُحمَد عقباه. فرد المطران بتعهده بمراقبة الموقف وعدم حدوث شيء.

واجتمع المؤتمرون في مدرسة أخوان ويصا بموافقة وزارة الداخلية، ولكي يعطوا المؤتمر صفة وطنية وضعوا في صدر القائمة صورة الخديوي عباس حلمي الثاني، وافتتح المؤتمر جلسته الأولى برئاسة بشرى بك حنا يوم الاثنين 6 مارس 1911، ثم توالت الجلسات التي تكلم فيها الأستاذ ميخائيل فانوس حيث تكلم عن سلامة الوحدة الوطنية، وكان منهم أيضًا: اخنوخ فانوس - توفيق بك دوس - مرقس حنا - مرقس فهمي - حبيب دوس، الذي طالب بوضع نظام لمجالس المديريات يكفل التعليم للجميع دون التفريق بين أتباع دين آخر.

وبعد انتهاء الاجتماعات توجه بشرى بك حنا وأعضاء لجنة المؤتمر إلى سراى عابدين وقدموا إلى السر تشريعاتي الخديوي نسخه من محاضر الجلسات لرفعها إلى الخديو، وطلبوا أن يتشرفوا بمقابلته شخصيا ليرفعوا إليه مطالبهم ولكن السر تشريعاتى أبلغهم في 27 مارس 1911 أن صاحب العرش لا يرغب في مقابلتهم لأنهم خالفوا أوامر الحكومة.

وقد حاول الاستعمار أن يستغل مطالب المؤتمر لمصالحة، وادعى أن الأقباط يشكون من الاضطهاد ولكن عقلاء الأقباط وعلى رأسهم البابا كيرلس الخامس احتاطوا لهذه اللعبة وزودوا المؤتمر بالنصائح الوطنية الخالصة حتى يعود الاستعمار خسران.

وما لبثت أن جاءت ثورة 1919 التي شارك فيها المسيحيون وباركها البابا كيرلس الخامس وكان على اتصال مستمر بسعد باشا زغلول، وكان سعد يزوره بين الحين والآخر في البطريركية وشهد له بالوطنية وحب مصر.

بعد نياحة الأنبا أثناسيوس مطران الحبشة 1876 طلب النجاش من البابا كيرلس الخامس رسامة مطران آخر، وأيضًا طالب بإعادة النظر في التقليد الذي كان يسمح بمطران واحد للحبشة، فقد تطلب النجاش رسامة مطران وثلاثة أساقفة، فرشم لهم البابا أربعة رهبان جعل، أولهم مطرانا لإثيوبيا والثلاثة أساقفة، فزاد ذلك من حب الأحباش له ولمصر.

كان على علاقة ودية قوية بأقطاب السياسة في مصر وفي مقدمتهم الزعيم الوطني سعد زغلول فكان يزوره ويدعو له بالبركة وبالتوفيق في كل خطواته، كما كان على صلة به مستمرة به خاصة بعد قيام ثورة 1919، فجعل من كنائسه منابر للخطباء، وأمر القساوسة أن يتعاونوا مع شيوخ الأزهر على توعية المصريين في طلب الاستقلال ووحدة وادي النيل.

وعندما تشكل الوفد المصري برئاسة سعد زغلول وسفره إلى لندن في 11 إبريل 1919 لمفاوضة الإنجليز في الاستقلال، كان من بين أعضائه أربعة من وجهاء الأقباط مثل: سينوت حنا - جورج خياط - ويصا واصف - مكرم عبيد.

وقد ظل البابا مرتبطًا بسعد وبالثورة حتى توفي مع سعد زغلول في نفس السنة ونفس الشهر (7 أغسطس 1927) ومات سعد زغلول في 27 من نفس الشهر، وكان البابا قد بلغ السادسة والتسعين من عمره، وزادت عليه الأمراض، وتم تجنيزه ودفنه في مقبرة البطاركة مقبرة القديس استفانوس المجاورة للكنيسة المرقسية الكبرى.