ولد في مدينة المحلة الكبرى في 18 فبراير سنة 1872 من أسرة عريقة مشهورة بأسرة القسيس امتازت بالفضيلة والتدين فنشأ منذ نعومة أظفاره في وسط متدين تقي تلقي علومه الابتدائية والثانوية بالمحلة الكبرى وطنطا وكان منذ صباه زاهدًا مولعًا بالوحدة مهتما بحفظ الألحان الكنسية. ولما بلغ السادسة عشرة هجر العالم وقصد دير القديس أنبا بيشوي بوادي النطرون في سنة 1888 م. لتحقيق رغبته في العبادة والزهد وكان اسمه الراهب عبد المسيح فتفرغ للعبادة ودرس الكتاب المقدس والكتب الكنسية والطقوس القبطية، وسرعان ما ظهرت فضائله وتقواه وذاعت سمعته الطاهرة بين الرهبان وقد امتاز بنسخ الكتب وحسن الخط القبطي والعربي، كما أتقن فنون الزخرفة القبطية الدينية. وبعد أن سيم قسا قضي في الحياة النسكية الطاهرة نحو ست سنوات ثم توجه إلى دير البراموس سنة 1895 م. حيث رسمه  البابا كيرلس الخامس قمصًا وكاتِمًا لأسراره، كما كلفه بالتدريس في مدرسة الرهبان وأسند إليه تدريس اللغتين القبطية والفرنسية وكان في نيته أن يرسمه مطرانًا لكرسي مصر ولكنه بعد مضي 25 شهرا علي وصول القمص عبد المسيح إلى القاهرة انتقل إلى رحمة الله الأنبا ميخائيل أسقف أسيوط فحضر إلى القاهرة وفد من أسيوط ووقع اختيارهم علي هذا القمص الجليل وزكوه مطرانًا لأسيوط فلم يقبل البابا في بادئ الأمر طلبهم لأنه كان يحتفظ به ليقيمه مطرانا للقاهرة ومساعدا لغبطته في إدارة شئون الكرازة المرقسية.

ولما ألح الوفد في الطلب واشتدوا في الرجاء قبل البابا اختيارهم له ورسمه مطرانًا لأسيوط في 11 يوليو 1897 م. وكان وقتئذ في الرابعة والعشرين من عمره وسماه مكاريوس فذهب إلى مقر كرسيه وهو شاب يافع لا سلاح له إلا تقواه وزهده وعلمه فشمر عن ساعد جده وماضي عزمه وحنكة الشيوخ وتجربتهم رغم حداثة سنه. في ضم الشتات وتركيز العقيدة فحفظ للشعب وحدته وللكنيسة مقامها وقدسيتها ونجح نجاحا باهرا ولم يكتف بالبرنامج الذي وضعه للإصلاح الكنسي , بل عقد مؤتمرًا قبطيًا عظيمًا في مدينة أسيوط سنة 1910 م. رغم الاعتراضات التي قامت في سبيله ولم يكتف بذلك بل قدم للبابا كيرلس الخامس في أول سنة 1920 م. رسالة عن المطالب الإصلاحية الملية بالاشتراك مع زميله الأنبا ثاوفيلس أسقف منفلوط وأبنوب وقتئذ مما دل على عظم كفاءته ورغبته في إعلاء كلمة الحق.

ولما توفي البابا كيرلس الخامس في سنة 1928 م. رشحه الشعب للكرسي البطريركي لتحقيق مطالب الإصلاح ولكن حالت الظروف وقتئذ دون تحقيق ذلك ولما توفي البابا يؤنس التاسع عشر رسموا  الأنبا مكاريوس بطريركا علي الكرازة المرقسية في يوم الأحد 13 فبراير سنة 1944 م.

وبعد أن تبوأ كرسي البطريركية أصدر في 22 فبراير سنة 1944 م. وثيقة تاريخية غرضها الأساسي إصلاح الأديرة وترقية رهبانها علميا وروحيا وأمر بمحاسبة نظارها ورؤسائها وقد أدي هذا الأمر إلى انقسام كبير بين المجمع المقدس والمجلس الملي العام.

وفي 7 يونية سنة 1944 م. قدم المجمع المقدس مذكرة إلى البابا البطريرك وإلي وزير العدل بالاعتراض علي مشروع الأحوال الشخصية للطوائف غير الإسلامية لأنه يهدم قانونا من قوانين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية كما أنه يمس سرين من أسرارها المقدسة وهما سر الزواج وسر الكهنوت وهما من أركان الدين والعبادة.

وقد استمر النزاع وتعذر التوفيق بين المجمع والمجلس وفشلت المحاولات التي قام بها البابا لإزالة سوء التفاهم وأصر المجلس علي تدخله في غير اختصاصه. بل فيما هو من صميم اختصاص المجمع المقدس. حتى اضطر البابا إلى هجر العاصمة مقر كرسيه والاعتكاف في حلوان ثم الالتجاء إلى الأديرة الشرقية بصحبة الآباء المطارنة وبعد أن استقر في دير أنطونيوس قصد دير أنبا بولا وقد كان لهذه الحوادث المؤلمة ضجة كبيرة في جميع الأوساط واهتز لها كل غيور علي الكنيسة.ولما علم رئيس الوزراء بهجرة البابا إلى الدير عمل علي عودته مكرما إلى كرسيه فكلل عمله بالنجاح ورفع المجلس الملي إلى البابا كتابا يلتمس فيه عودته حتى يتسنى تصريف شئون الكنيسة والتضافر علي السير في طريق الإصلاح المنشود وبعد ذلك عاد البابا من الدير فاستقبله الشعب استقبالًا حافلًا.

وانعقد المجمع المقدس برئاسته وأصدر في أول يناير سنة 1945 م. بعض القرارات منها:

تمثيل كنيسة أثيوبيا في المجمع الإسكندري - تبادل البعثات بين مصر وأثيوبيا وإنشاء معهد إكليريكي بأثيوبيا - قصر الطلاق علي علة الزنا - وضع قانون للأحوال الشخصية - جعل لائحة ترشيح وانتخاب البطريرك متفقة مع القوانين الكنسية وتقاليدها - إنشاء كلية لاهوتية للرهبان - تشكيل لجنة دائمة لفحص الكتب الدينية والطقسية - المحافظة علي مال الوقف وحسن سير العمل بالديوان البطريركي - تنفيذ قانون الرهبنة الصادر في 3 يونية سنة 1937 بكل دقة، واستدعاء الرهبان المقيمين خارج أديرتهم - إنشاء سجل في كل كنيسة يقيد فيه أفراد كل عائلة قبطية، وآخر يقيد فيه أسماء المعمدين والمرتقين إلى رتبة الشماسية والمنتقلين.

وفي يوم 6 يونية سنة 1945 م. حل في القاهرة بطريرك روسيا فأوفد البابا مكاريوس وفدا من الآباء المطارنة لاستقباله ثم تبادلا الزِيارات الودية.

وبعد ذلك اشتد الخلاف بين قداسة البابا والمجلس الملي العام مرة أخري ولم يحل هذا الخلاف دون تولي البابا أمر الدفاع عن كيان أمته وقوانين الكنيسة خصوصا قانون الأحوال الشخصية للطوائف غير الإسلامية . فرفع رؤساء الطوائف غير الإسلامية بالقطر المصري وعلي رأسهم بطريرك الأقباط الأرثوذكس بتاريخ 30 مايو سنة 1945 م. مذكرة إلى وزارة العدل بالاعتراض علي القانون الخاص بتنظيم المحاكم الطائفية للأحوال الشخصية وأخري إلى مجلس الشيوخ والنواب في 25 يونية سنة 1945 م. تحوي الاعتراضات التي يجب الالتفات إليها حتى يصبح موافقا لأحوالهم وتقاليد عائلاتهم.

وكان البابا يشكو ضعفًا شديدًا أَلَمَّ به في الأسبوعين الأخيرين من حياته اضطره لأن يلازم قصره مُعْتَكِفًا وفي مساء الخميس 24 مسرى 1661 ش. (30 أغسطس 1945) شعر بتعب شديد وأصيب بهبوط في القلب فأسرع الأطباء لإسعافه حتى مطلع الفجر وفي التاسعة والربع من صباح الجمعة 31 أغسطس سنة 1945 م. صعدت الروح الطاهرة إلى بارئها وأحتفل قبل ظهر يوم الأحد 2 سبتمبر بتشييع جثمانه إلى مقره الأخير بالكنيسة