قطعت كل من إندونيسيا وماليزيا والفلبين خطوات كبيرة في مكافحة الإرهاب في بلدانها.  وكانت الفلبين الأكثر بروزًا في هذا الصدد ، والتي كانت تُصنَّف منذ فترة طويلة ضمن أكثر 15 دولة تضررًا بالإرهاب في العالم. واجهت الفلبين إرهابا مستمرًا في جزيرة مينداناو، يعود تاريخه إلى عام 1968. ومع ذلك، كان إنشاء منطقة بانجسامورو المتمتعة بالحكم الذاتي في مينداناو المسلمة (BARMM) في عام 2019 بمثابة انتقال، حيث تم تسريح المتمردين المسلحين استعدادًا للانتخابات المقرر إجراؤها في عام 2025. ووفقًا لمكتب المستشار الرئاسي لعملية السلام، اعتبارًا من مايو 2023، تم تسريح حوالي 26132 مقاتلاً من الجناح المسلح لجبهة تحرير مورو الإسلامية (MILF)، القوات المسلحة الإسلامية بانجسامورو (BIAF).
بالإضافة إلى ذلك، فإن عواقب حصار مراوي الفاشل، الذي شهد مقتل حوالي 800 مقاتل متحالف مع تنظيم داعش ، دفعت أيضًا إلى الانشقاقات من الجماعات المتحالفة مع داعش. ووفقًا للباحث كينيث يو ياورين، اعتبارًا من عام 2023، استسلم 1866 مقاتلاً من جماعة داعش - سولو ومقاتلي الحرية الإسلامية في بانجسامورو (BIFF) للقوات المسلحة الفلبينية. وعلاوة على ذلك، استسلم أعضاء جماعة أبو سياف أيضًا للسلطات المحلية بأعداد كبيرة. ووفقًا لبحث أجرته نجوى إندانان أونجا، استشهد مسلحو جماعة أبو سياف ومقاتلي الحرية الإسلامية في بانجسامورو وداعش بالإرهاق والجوع وفقدان الدعم العام وضغوط الأسرة وخيبة الأمل في تكتيكات وقادة مجموعاتهم المعنية والرغبة في عيش حياة طبيعية كأسباب رئيسية وراء قرارهم بالاستسلام. كما استشهد أعضاء مقاتلي الحرية الإسلامية في بانجسامورو من أسر جبهة مورو الإسلامية للتحرير بالسياق السياسي المتغير كعامل رئيسي في انسحابهم؛ ومع تشكل الحكم الذاتي الإقليمي في منطقة مينداناو المسلمة، لم تعد هناك حاجة إلى النضال المسلح.

في إندونيسيا، أعلنت الجماعة الجهادية السلفية الأكثر أهمية، ، حل نفسها. في 30 يونيو 2024، أعلن كبار قادة الجماعة الإسلامية الستة عشر في مقطع فيديو أنهم يحلون هيكلهم الحالي و"يعودون إلى حضن جمهورية إندونيسيا". ولتحقيق هذه الغاية، سيراجعون المناهج الدراسية في مدارسهم، والتي يمكن القول إنها أعظم أصولهم، للقضاء على التطرف والتوافق مع أهل السنة والجماعة أو الإسلام السني. وعلاوة على ذلك، فإنهم سيتصرفون في المستقبل وفقًا للقانون الإندونيسي. تسمح هذه الخطوة للمجتمع بالبقاء والجماعة بإعادة التشكيل تحت اسم أو ربما أسماء مختلفة، والعمل نحو مجتمع ودولة أكثر إسلامية من خلال الآليات السياسية أو من خلال الدعوة (الدعاية الإسلامية) والتعليم الإسلامي، وهي جميع التكتيكات التي استخدمتها الجماعة الإسلامية على مدى السنوات الست الماضية.
ولكن من المبكر للغاية أن تعلن دول جنوب شرق آسيا النصر على الإرهاب. إذ تظل التهديدات الإرهابية قائمة في هيئة بقايا وخلايا صغيرة شبه مستقلة، معظمها تابعة لتنظيم داعش. ولا تزال هذه الجماعات قادرة على إحداث قدر كبير من الضرر. على سبيل المثال، وفقا لمعهد تحليل سياسات الصراع، في عام 2023 وحده، أعلن تنظيم داعش مسؤوليته عن نحو 20 هجوما صغيرا في الفلبين استهدفت الشرطة أو الجيش، وكلها تقريبا في مقاطعات لاناو أو في وسط مينداناو. ولا تزال بقايا مقاتلي الحرية الإسلامية في بانجسامورو، وجماعة ماوتي، وداعش في سولو، وداعش في باسيلان تمثل خطرا وتهديدا في الوقت نفسه.

وتستجيب السلطات الماليزية بيقظة متزايدة بعد أن هاجم أحد المتعاطفين مع داعش من عائلة من الجماعة الإسلامية مركزًا للشرطة، مما أسفر عن مقتل شخصين في بلدة أولو تيرم في ولاية جوهور في 17 مايو. واستنادًا إلى الأدلة المتاحة، يبدو أن الجاني كان "ذئبًا منفردًا" نادرًا ما يتم تطرفه من قبل أفراد الأسرة. كان هذا أول هجوم إرهابي ناجح على الأراضي الماليزية منذ هجوم القنابل اليدوية عام 2016 على ملهى موفيدا الليلي في حي بوتشونج في كوالالمبور من قبل اثنين من أنصار داعش. وأعلنت السلطات الماليزية حالة تأهب قصوى ولسبب وجيه؛ حيث ألقت الشرطة الماليزية القبض على ستة رجال وامرأتين في يونيو بتهمة الارتباط بداعش وربطهم بتهديدات ضد رئيس الوزراء والملك ومسؤولين آخرين.

لا يزال التهديد الأكبر للأمن الإندونيسي يتمثل في الهجمات التي تشنها خلايا جماعة أنصار الدولة المرتبطة بتنظيم داعش، والتي كانت مسؤولة عن جميع الهجمات الإرهابية الكبرى في إندونيسيا على مدى السنوات الست الماضية، بما في ذلك تفجير ستاربكس عام 2016، وتفجيرات الكنائس عام 2018 في سورابايا، والتفجير الانتحاري عام 2021 في مجمع كاتدرائية القلب الأقدس ليسوع في ماكاسار في أحد الشعانين، والتفجير الانتحاري عام 2022 في مقر شرطة أستانا أنيار في باندونج. لم تعد جماعة أنصار الدولة متماسكة كما كانت من قبل، حيث أن العديد من قادتها وأعضائها في السجن. ومع ذلك، لا يزال بإمكان بقاياها إحداث أضرار جسيمة. على مدار العامين الماضيين، نجحت السلطات الإندونيسية في تعطيل العديد من المؤامرات الإرهابية في مرحلة التخطيط. وشملت هذه الهجمات على مراكز الشرطة في عامي 2023 و2024 من قبل خلايا جماعة أنصار الدولة، بالإضافة إلى واحدة من قبل خلية الجماعة الإسلامية في مدينة لامبونج. كما عطلت السلطات مؤامرة لجماعة أنصار الدولة على مراكز الاقتراع في الفترة التي سبقت انتخابات عام 2024. ويشير هذا إلى أن بقايا داعش لا تزال متحمسة للغاية وتنتظر الوقت المناسب.

لقد أثار تفكك الجماعة الإسلامية مسألة الانقسامات. وإذا كان الماضي مجرد مقدمة، فمن الممكن أن ينشق أعضاء الجماعة الإسلامية الذين لا يوافقون على قرار تفككها ويشكلون منظمة سرية خاصة بهم. ففي عام 2004، انفصلت مجموعة مؤيدة للتفجيرات مكرسة لتنفيذ فتوى أسامة بن لادن عام 1998 عن الجماعة الإسلامية لتشكيل تنظيم القاعدة في أرخبيل الملايو، وهو الاسم الذي يشير إلى الإعجاب وليس الانتماء. وقد نفذت هذه المجموعة تفجير السفارة الأسترالية عام 2004، وتفجير بالي عام 2005، وتفجير ماريوت وريتز كارلتون عام 2009. وقد يحدث مثل هذا الانقسام مرة أخرى. ومع ذلك، فمن المرجح أن يهاجر شباب الجماعة الإسلامية المدفوعين إيديولوجياً والذين يسعون إلى ارتكاب أعمال إرهابية إلى بقايا تنظيم أنصار داعش، وخاصة إذا كان لديهم أصدقاء أو مرشدون أو أفراد من الأسرة قاموا بالفعل بهذا التحول.
ولتقليص احتمالات نشوء فصائل منشقة، قد يستفيد كبار قادة الجماعة الإسلامية من دراسة عملية نزع التطرف التنظيمي التي خاضتها الجماعة الإسلامية في مصر. فبعد أن قرر قادة الجماعة الإسلامية التخلي عن العنف، سافروا إلى السجون التي يحتجز فيها أعضاؤها وعقدوا مناقشات لتعميم القرار فيما بينهم. كما نشروا أكثر من عشرين منشوراً لتبرير منطقهم من الناحية الإسلامية. وبإذن من السلطات، يمكن لكبار قادة الجماعة الإسلامية الذين شاركوا بشكل كبير في اتخاذ هذا القرار، ولا سيما أبو رسيدان، وبارا ويجايانتو، وعارف سيسوانتو، وبامبانج سوكيرنو، وأبو فاتح، عقد اجتماعات مع أعضاء من المستوى المتوسط والمستوى العادي في السجون، وفي المدارس الداخلية الإسلامية، وفي معاقلهم لشرح الأساس المنطقي وراء قرار حل الجماعة. ويمكنهم أيضاً الشروع في عملية كتابة مماثلة. ويمكن أن تؤدي مثل هذه الفرص للمناقشة والمعالجة إلى قبول أكبر، وخاصة من جانب الأجيال الشابة، الأمر الذي قد يؤدي بدوره إلى التزام أكبر بين الأجيال تجاه الأنشطة المشروعة التي تأتي بعد ذلك للمجتمع.