في السنوات الأولى لتأسيس جماعة الإخوان، على يد حسن البنّا (1906:1949)، كانت الجماعة تُرسل وفودًا إلى الأقطار العربية يقومون بنشاط دعوي، إلا أن «جيبوتي» كان أمرها مختلفًا، فهي الدولة الأولى التي أنشأ فيها الإخوان فرعًا لهم عام 1932، إذ كان شباب جيبوتي الوافدون للدراسة في الأزهر، هم الذين أسسوا شُعبة إخوانية فور عودتهم إلى بلادهم.

مريدو «البنّا» من طلاب جيبوتي، أرسلوا خطابًا للمؤسس يُعلمونه أنهم نقلوا تجربته إلى دولتهم، ويريدون منه أن يمدهم بالدروس والمحاضرات اللازمة ليعلنوا رسميًّا تدشين شُعبة الإخوان في جيبوتي، ووصفتهم مجلة الإخوان المسلمين (الذراع الإعلامية للجماعة) بـ«الغيورين على الدين»، كما تم انتداب الشيخ عبدالله حسين اليماني، من قبل مكتب الإرشاد؛ ليكون حلقة الوصل بين فرع جيبوتي ومكتب الإرشاد، وأصبح رئيسًا لفرع جماعة الإخوان، هكذا كانت جيبوتي نقطة الانطلاق الإخواني نحو أستاذية العالم التي أعلنها «البنّا» منذ تأسيس الجماعة.

ركز المنضمون للإخوان في البداية جهودهم على الجانب الدعوي، ومراقبة تصرفات الشعب الجيبوتي، وحثِّهم على الالتزام بالتعاليم الإسلامية والاهتمام باللغة العربية، ولم يكن للإخوان دور في مقاومة المحتل خلال العقود الأولى لتأسيس الجماعة، بل غلب عليها الطابع الإرشادي والوعظي، وهو الأمر الذي تنفيه الجماعة، وتؤكد أنها لعبت دورًا خفيًّا في مقاومة الاحتلال الفرنسي.

ولم تعلن الجماعة في القطر الجيبوتي أي أطروحات تخص الحياة السياسية، فهي تعاني من حالة جمود مستمر وفقدان للرؤية، لكنَّ القائمين عليها يستهدفون دائمًا ضم عناصر جديدة من خلال المدارس الدينية التي أسسها الإخوان في هذا القُطر، إضافةً إلى عدد من الجمعيات الخيرية مثل جمعية البر الخيرية، وجمعية أمل للتنمية البشرية، ومؤسسة «ترن» التجارية.

بفعل المتغيرات السياسية والاجتماعية التي أعقبت استقلال جيبوتي عن الاستعمار الفرنسي 1977، توافد مدرسون ودعاة وأئمة من مصر وتونس والسودان إليها، بعد قرار الحكومة بتعريب جيبوتي، كما ترتب على هذا النشاط تدشين مدارس «ليلية» في مختلف أنحاء جيبوتي؛ لتعليم الدعوة والمنهج الإخواني، وترتب على ذلك زيادة أعداد الفتيات اللاتي ارتدين الحجاب، واحتضنت جيبوتي الكثير من رموز الصحوة الإسلامية الفارين من بطش النظام الصومالي، وكان لهم أثر بالغ في تمكين الفكر الإخواني من المجتمع الجيبوتي.

عقب الأحداث الاحتجاجية التي شهدتها جيبوتي في يناير 2011، اتخذت جماعة الإخوان دور المعارضة، فتحالفوا مع الأحزاب المعارضة وشكّلوا «التجمع الوطني»، الذي سمح لهم بدخول البرلمان بنسبة كبيرة؛ ما أثار حفيظة الحكومة، وترتب عليه اتخاذ قرارات بالتضييق على نشاط الإخوان بالداخل، وتعقب للقيادات وتحركاتهم ومصادر التمويل.