تعرض  البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية إلى حملة شرسة من تيار الاسلام السياسي، وكذلك حركات قبطية شبابية، وأنصار الرئيس المعزول محمد مرسي بعد تصريحاته الأخيرة لتلفزيون الوطن بالكويت بشأن ثورة 30 يونيو ، وترحيبه بترشح المشير عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع لرئاسة الجمهورية، مطالبين البابا بعدم تدخل الكنيسة في السياسية، وعدم الدفاع عن السلطة الحالية، في الوقت الذى دافع فيه بعض الرموز السياسية عن هذه التصريحات، والتأكيد على انها في إطار حرية الرأى والتعبير والدفاع عن الدولة المدنية.

حيث ندد  علاء صادق الناقد الرياضي وأحد المدافعين عن المعزول محمد مرسي  بتصريحات البابا تواضروس الذي هاجم فيها ثورات الربيع العربي وثورة 25 يناير خاصة، متهما  البابا بتأسيس أكبر فتنة طائفية في مصر وهجومه على ثورة ٢٥ يناير يرفع الستار عن دوره الدموي".

 من جانبه أكد مينا نادى عضو اتحاد شباب ماسبيرو  رفضه للتصريحات التي صدرت على لسان البابا تواضروس ، وزعم أن الشارع السياسي بشقيه المسلم والمسيحي غاضب من تلك التصريحات، مشيرا إلى أن رجال الدين دورهم روحي وتعليمي فقط وليس لهم دور سياسي في المجتمع .

طالب نادي بعدم خلط السياسة بالدين وناشد البابا تواضروس بعدم الدخول الى المعترك السياسي لأن هذا يثير بلبلة .

كما دعت مؤسسة شباب ماسبيرو في بيان لها إلى اعطاء الاولوية لاهداف ثورتى 25 يناير و 30 يونيو فى التفكير واهم هذه الاهداف هو ان تحكم مصر "والاقباط من داخل مصر" القوى الدينية والمؤسسات الدينية.

من ناحية آخري قال المهندس ياسر قورة عضو الهيئة العليا للحزب، إن تصريحات البابا مشجعة للغاية من شخصية تنال الاحترام من الجميع لاستكمال مسيرة البناء لمصر ومن أجل كل المصريين.

شدد على أن مصر نجت من منزلق خطير تحت حكم جماعة الإخوان الذين قدموا صورة مشوهة، لافتًا أن دعم المشير السيسي للرئاسة أصبح ضرورة للخروج من عنق الزجاجة".

كان البابا تواضروس قد أكد على أن قرار ترشح وزير الدفاع بات واجبًا وطنيًا، وإن المصريين يرونه منقذ وبطل ثورة 30 يونيو، ويمتلك صفة الضبط والربط المهمة جدًا لنمو المجتمع المصري، ولكن للجميع مطلق الحرية فى اختيار من يرونه مناسبًا حسب قناعتهم الشخصية. 

نوه البابا تواضروس  إلى أن إدارة الرئيس المعزول مرسى لم تكن تليق بأى حال من الأحوال بمصر الحضارة والتاريخ على الرغم من أنه كان يحكم باسم الدين، ولفت البابا إلى أن فترة حكم الرئيس المعزول مرسى شابتها العديد من الأزمات والسقطات والسلبيات مع جميع التيارات والأحزاب السياسية وقوى المجتمع المدنى ومؤسسات الدولة، وأن المجتمع كله وصل إلى درجة الغليان من فترة حكم الإخوان، ولم يعد يتقبل هذا النمط من الحكم. 

شدد البابا على أن الكنيسة المصرية وقفت موقفًا بطوليًا فى أوقات الفوضى والتدمير المنظم للكنائس والأديرة المصرية فى وجه الإعلام الغربي الذى زيف الحقائق، وكان ينقل أخبارًا مغلوطة فى صورة من التعدي الصارخ على سيادة مصر، وأن الكنيسة حرصت على إجلاء الحقائق لكل الوفود الغربية والأجنبية التى زارتها بعد تلك الأحداث، معتبرًا أن ثورات ما يطلق عليه "الربيع العربي" لم تكن ربيعًا أو حتى خريفًا، وإنما هو "شتاء عربى "مدبر حملته أيد خبيثة إلى منطقتنا العربية لتفتيت دولها إلى مجرد دويلات صغيرة لا حول لها ولا قوة.