عندما مات البابا بطرس البطريرك 27 قدم للكرسي الإسكندري البطريرك اثناسيوس في 490 م في عهد زينون قيصر، وانتخبه الشعب والإكليروس- رجال الدين- بإجماع الآراء وكان كاهنًا في كنيسة الإسكندرية ووكيلًا لكنائسها، مشهورًا بصلاحه واستقامة إيمانه.

ويلقب بالصغير تمييزًا له عن البابا أثناسيوس الرسولي البطريرك ال20 الملقب بـ"الكبير"، ولم يكن في أيام هذا البطريرك في الإسكندرية آخر سواه، وخضعت إبروشيات القطر المصري بأجمعها له؛ وذلك لأن الكنائس الرسولية بأجمعها رفضت اعتبار مجمع خلقيدون وحرمت رسالة لاون. التي اعتبرت أن للمسيح طبيعتين؛ إلهية وإنسانية. 

وقد صرف هذا البطريرك همته مشتركًا مع القيصر اناستاسيوس في إعادة السلام إلى الشرق عمومًا ومصر خصوصًا.

وكانت رغبة القيصر أن لا تقوم المنافسات الدينية مره أخرى، بل ينبغي أن تترك الحرية لكل إنسان في اختيار أي مذهب أو دين يعتقد به.

ولما رأى بعض الأساقفة ميالين للبحث والجدال، عزم على تغييرهم كي لا يكدروا صفو جو الكنيسة مرة أخرى. وبذلك ساد روح السلام على الكنائس بأسرها، إلا الكنيسة الكاثوليكية التي لم يكف رؤساؤها المحترمون عن معاكسة كل مَنْ لا يوافقهم على اعتبار مجمع خلقيدونيه. وما أحسن قول بعضهم في ذلك أنهم (أساقفة رومية).

لم يكفهم مقاومة الأحياء، بل كانوا يجتهدون في معاكسة أناس انتقلوا إلى الدار الأخرى؛ فكانوا يطلبون بإلحاح شطب اسم البطاركة ديسقوروس وأكاكيوس من بين أسماء الأساقفة، بينما كان هذان في دار لا رئيس فيها إلا الله وحده، والتي يبغي كل مسيحي حقيقي أنه يحب البقاء فيها. وكانوا يقولون: إن أساقفة رومية هم وكلاء بطرس وهم المفوضون فيها!

ولم يظهر من الأرثوذكسيين الذين اتحدوا مع الكنيسة القبطية أقل تحزب، حتى إنهم لما توفي أكاكيوس بطريرك القسطنطينية وخلفه افراويطاوس سار على منواله متبعًا "كتاب الاتحاد" رافضًا مجمع خلقيدون. غير أن اوفييوس الذي خلف افراويطاوس كما سبق طرد الأرثوذكسية فغضب عليه القيصر، وعقد مجمعا حُكِمَ عليه بالنفي وأقام بدله مكدونيوس.

وأقام البابا اثناسيوس الثاني على الكرسي المرقسي نحو سبع سنين كانت كلها خالية من الاضطرابات وكانت الكنيسة سالمة من كل اضطهاد ومات في 20 توت سنة 229 ش. الموافق 497 م.