بعد وفاة البابا ثيؤدوسيوس البطريرك 33 في منفاه حدث أن القيصر يوستنيانوس الغير أرثوذكسي عين بدلًا منه بطريرك باسم بوليتاريوس، لظنه بأن الجو قد خلا له ليعلن رئاسته العامة على الكنيسة القبطية. وعمل وليمةً للكهنة وأهل المدينة وتوهم أنهم يوافقونه لأن الآباء الأساقفة لم يكن أحد فيهم يستطيع الظهور بالإسكندرية بالنسبة لتشديد القيصر عليهم، ولكن تولي الإسكندرية. رجل فاضل فسمح للأقباط الارثوذكسيين أن يقيموا لهم بطريركًا في السر، فخرجوا إلى دير الزجاج كأنهم يريدون الصلاة، وأرسلوا إلى الوجه البحري وأخطروا ثلاثة أساقفة وأقاموا قسًا يدعى بطرس للبطريركية وتعزى به الشعب وتقوى أمانتهم. ولكنهم لم يكونوا يقوون على الدخول به إلى المدينة – الإسكندرية –علانيةً؛ خوفًا من أن يعلم بذلك البطريرك بوليتاريوس أو القيصر، وكان ذلك في مسرى سنة 282 ش. وسنة 568 م. في عهد يوستينوس قيصر الثاني.

فلبث البطريرك مقيمًا بمكان يبعد عن الإسكندرية مقدار تسعة أميال في بيعة على اسم يوسف البار، وكانوا يحملون إليه جميع ما يحتاج. غير أنه فيما بعد شعر بوليتاريوس بالأمر فغضب جدًا وكتب للقيصر يعلمه بما كان، ولكن قبل وصول كتابه إلى يوستنيانوس ضربة الله بمرض قضى على حياته. أما البابا بطرس فكان بهي الطلعة جميل الصفات محبًا للمتعلمين؛ ولهذا استخبر عن كاتب له يكون ملمًّا بعلوم الكنيسة، فأرشده الرب إلى راهب بدير تابور اسمه دميان، فمضى البطريرك إليه وتحدث معه وطلب منه أن يشترك في أتعاب تدبير الكنيسة، ورجاه بأن يذهب ليقيم معه في الدير.

فأطاعه الراهب دميان ومضى معه إلى حيث يقيم، وكان هناك أديرة كثيرة العدد يسكنها جمع غفير من الرهبان. وبجوارها 30 ضيعة تسمى (سكا طينا) سكانها أرثوذكسيين وكانت الأديرة والضياع جميعها تحت إدارة البابا بطرس وفي أيام هذا البابا وفد على مصر القديس يعقوب البرادعي. 

ثم إن البابا بطرس قضى حياته مجاهدًا في كرم الرب حتى مات بعد سنتين من رسامته بطريركًا في الخامس والعشرين من بؤونة سنة 285 ش. وسنة 570 م. ومن أيام البابا بطرس صارت قاعدة لزمن طويل أن يرسم البطاركة بدير أبي مقار في وادي هبيب (وادي النطرون).