بعد وفاة البابا أغاثون كان الأب يوحنا قد حاز صيتًا حميدًا، واكتسب شهرة في القداسة والفضيلة، فأنتخب بالإجماع لكرسي البطريركية في أول كيهك سنة 393 ش. وسنة 678 م. في عهد خلافة معاوية ابن أبى سفيان. وكان ابن ثيؤدوسيوس الخلقيدوني - الذي يؤمن بطبيعتين للمسيح - عكس الأقباط قد تولى عوضه، ولكنه كان أحسن منه أخلاقا، وصار للبابا يوحنا كالولد وكان يحبه ويثق فيه.

وكان هذا البابا بهي الطلعة، يلوح لكل من يرى وجهه أنه يرى وجه ملاك، وقد أوتى من عند الله نعمة شفاء المرضى وعفة النفس والجسد ومسالمة جميع الناس، حتى بلغ صيت أفعاله الحميدة إلى العظماء فجزلوا له الهدايا.

وحدث أن الوالي- وهو سعيد بن يزيد- مضى إلى الإسكندرية كعادة من يتولى ليأخذ خِراجها بدون أن يبلغ خبر وصوله أذن البطريرك، فلم يخرج لمقابلته. فسعى حينئذ قوم من الأشرار من الأروام في مقدمتهم ثاوفانيس، وهو زوج أخت ثيؤدوسوس الخلقيدوني، وقالوا للوالي أن البطريرك أبى الاحتفاء بك لكثرة تبجحه وازدياد كبريائه ووفرة ما له. فغضب الوالي واستدعاه إليه وأوقفه بين يديه وسأله عن سبب تأخيره عن الخروج للقائه، فأجابه بعدم عِلمه. فاضطرب غيظ الوالي وسلمه لجنوده إلى أن يدفع مائة ألف دينار، وكان ممن استلموه رجل يدعى سعد عديم الرحمة قاسى القلب، فأخذه إلى بيته أول يوم في جمعة الآلام (بداية أسبوع الآلام) ليعذبه حتى يقوم بدفع المال.

وكان البطريرك لا يقتنى الأموال لأنه أصل كل الشرور، فقال لهم كل ما تشاءوا افعلوا بجسدي لأن نفسي بيد الله. فلما سمع الكافر ذلك حنق على البابا للغاية وأمر أن يحضر له وعاء نحاس مملوءا جمرًا، وأوقف البطريرك عليه ليقول أين المال، حتى ذاب شحم القدمين من قوة النار، ولكن البطريرك لم يتحرك ولم يلفظ كلمة استغاثة. غير أن الله جلت قدرته أوقع بزوجة الوالي ضيقا، فأرسلت رسولا يقول له أحذر أن تفعل سوءا بالبطريرك رجل الله لأني بليت الليلة بسببه، فأمر الأمير سعيد بأن لا يمسه أحد بسوء. وخرج البطريرك من دار الأمارة بعد دفع نصف المبلغ الذي جمعوه الكتاب الأقباط الموجودين في الإسكندرية، وكان راكبا والأرثوذكسيين يحيطون به، واستمروا يسبحون ويرتلون حتى وصلوا إلى الكنيسة وكان يوم خميس العهد، فصلى على اللقان وغسل أرجل الشعب وأقام الصلاة وقرب الأسرار المقدسة، ورجع إلى قلايته بسرور زائد يمجد الله.

وقد حدث في أيام هذا البطريرك غلاء استمر ثلاث سنوات، وأعانه الله على القيام بحال ضعفاء المدينة طول تلك المدة، ولولاه لهلكوا جوعا. فكان يدفع لهم قوتهم دفعتين من كل جمعه، ويدفع لهم أيضا دراهم. وقد شاء الرب أن يصاب بمرض النقرس في رجليه، فتعذب منه كثيرًا. وسار الوالي إلى مصر، فسار معه إلى أن وصلا إليها، وكانوا الجميع في حزن عميق لعلمهم بدنو أجله، ثم حملوه إلى بيعة مارمرقس التي بناها هو، وأدخلوه أمام المذبح الكبير، فوقف بقوة الروح وقال صلاة الشكر، وبعد أن أكملها اعترته غيبوبة، فحملوه إلى مخدعه وفيه أسلم الروح في 1 كيهك 403 ش. وسنة 687 م. وجعل جسده في المكان الذي بناه لنفسه قبل نياحته في كنيسة مار مرقس الرسولي.