البابا يوأنس السادس عشر البطريرك الثالث بعد المائة. ويُعْرَف هذا البابا باسم يوأنس الطوخي وكان والداه مسيحيين من طوخ النصارى بكرسي المنوفية، فربيا نجلهما وكان يدعي إبراهيم أحسن تربية وزوداه بكل معرفة وأدب وعلماه أحسن تعليم وكانت نعمة الله حالة عليه منذ صباه فنشأ وترعرع في الفضيلة والحياة الطاهرة. ولما توفي  والده زهد العالم واشتاق لحياة الرهبنة فمضي إلى دير القديس أنطونيوس ببرية العربة وَتَرَهَّب فيه ولبس الزي الرهباني فلما تفاضل في العبادة والنسك اختاره الآباء الرهبان فرسمه البابا متاؤس الرابع بكنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة قسا علي الدير المذكور فازداد في رتبته الجديدة فضلًا وزهدًا حتى شاع ذكر ورعه واتضاعه ودعته. ولما توفي البابا البطريرك متاوس وخلا الكرسي بعده اجتمع الآباء الأساقفة والكهنة والأراخنة لاختيار الراعي الصالح فانتخبوا عددا من الكهنة والرهبان وكان هذا الأب من جملتهم وعملوا قرعة هيكلية بعد أن أقاموا القداسات ثلاثة أيام وهم يطلبون من الله سبحانه وتعالي أن يرشدهم إلى من يصلح لرعاية شعبه ولما سحب اسم هذا الأب في القرعة علموا وتحققوا أن الله هو الذي اختاره إليه هذه الرتبة. وتمت رسامته في يوم الأحد المبارك الموافق 9 برمهات سنة 1392 ش. (5 مايو سنة 1676 م.) ودعي يوأنس السادس عشر، وكان الاحتفال برسامته فخما عظيما عم فيه الفرح جميع الأقطار المصرية.

وقد اهتم بتعمير الأديرة والكنائس فقد قام بتعمير المحلات الكائنة بالقدس الشريف وسدد ما كان عليها من الديون الكثيرة وجدد مباني الكنائس والأديرة وكرسها بيده المباركة، وأهتم خصيصًا بدير القديس أنبا بولا أول السواح، وكان خَرِبًا مدة تزيد علي المائة سنة فجدده وفتحه وعمره وأعاده إلى أحسن مما كان عليه وجهز له أواني وكتبا وستورا وذخائر ومضي إليه بنفسه وكرسه بيده المقدسة ورسم له قسوسًا وشمامسة ورهبانا في يوم الأحد 19 بشنس سنة 1421 ش. (25 مايو سنة 1705 م.). وقد زار دير القديس العظيم أنطونيوس أب الرهبان المعروف بالعرب بجبل القلزم أربع دفعات الأولي في شهر كيهك سنة 1395 ش. (1678 م.) وكان بصحبته رئيس الدير وكاتب القلاية السابق وبعض الرهبان، والثانية في 20 برمودة سنة 1411 ش. ( 1695 م.) في ختام الصوم المقدس وكان معه القس يوحنا البتول خادم بيعة كنيسة العذراء بحارة الروم والشماس المكرم والأرخن المبجل المعلم جرجس الطوخي أبو منصور والمعلم سليمان الصراف الشنراوي، والثالثة في مسرى سنة 1417 ش. (1701م)، والرابعة في سنة 1421 ش. (1705 م.) لتكريس دير القديس أنبا بولا.

وفي شهر أبيب المبارك سنة 1417 ش. وقع اضطهاد علي الشعب الأرثوذكسي بمصر المحروسة في زمن الوالي محمد باشا بسبب وشاية وصلته بأن طائفة النصارى الأقباط أحدثوا مباني جديدة في كنائسهم فعين علي الكنائس أغا من قبله ورجال المعمار وقضاة الشرع للقيام بالكشف علي الكنائس فنزلوا وكشفوا وأثبتوا أن في الكنائس بناء جديدا ولكن عناية الله تعالي لم تتخل عن شعبه بصلوات البابا الطاهر فحنن علي أمته القبطية قلوب جماعة من أمراء مصر وأكابر الدولة وتشفعوا عند الوالي فقرر عليهم غرامة فاجتمع البابا بالسادة الأراخنة المعلم يوحنا أبو مصري والمعلم جرجس أبو منصور والمعلم إبراهيم أبو عوض واتفق الرأي بينهم علي أن يطوف البابا المكرم حارات النصارى ويزور البيوت ويحصل منها ما يمكن تحصيل هذه الغرامة قام السادة الأراخنة بتسديدها لأربابها وحصل فرح عظيم في البيعة المقدسة وفتحت الكنائس ورفرف الهدوء السلام في سائر البيع الطاهرة ولكن البابا تأثر من طوافه علي المنازل فتوجه إلى دير القديس أنطونيوس في 7 مسرى سنة 1417 ش. للترويح عن نفسه.

وفي سنة 1419 ش. اشتاق البابا أن يعمل الميرون المقدس فأجاب الرب طلبته وحرك أنسانًا مسيحيًا هو الأرخن الكبير المعلم جرجس أبو منصور ناظر كنيستي المعلقة وحارة الروم وكان محبا للفقراء والمساكين، مهتما بمواضع الشهداء والقديسين، وكان مشتركا مع البابا في كل عمل صالح فجهز مع قداسة البابا ما يحتاج إليه عمل الميرون وتم طبخه وكرسه البابا بيده الكريمة في بيعة السيدة العذراء بحارة الروم، واشترك في هذا الاحتفال العظيم الآباء الأساقفة والرهبان والشيوخ؛ لأن الميرون لم يكن قد طبخ منذ مائتين وسبع وأربعين سنة تولي فيها الكرسي ثمانية عشر بطريركًا! وهو أول مَنْ قام ببناء القلاية البطريركية بحارة الروم وخصص لها إيرادات وأوقافًا.

وفي سنة 1425 ش. (سنة 1709 م.) قام هذا البابا بزيارة القدس الشريف ومعه بعض الأساقفة وكثير من القمامصة والقسوس والأراخنة عن طريق البر السلطاني وقد قام بنفقة هذه الزيارة المقدسة الشماس المكرم والأرخن المبجل الشيخ المكين المعلم جرجس أبو منصور الطوخي بعد أن تكفل بنفقة ترميم وصيانة بيعة السيدة العذراء الشهيرة بالمعلقة بمصر.

وكان البابا يفتقد الكنائس ويزور الديارات والبيع كما زار بيعة مار مرقس الإنجيلي بالإسكندرية وطاف الوجهين البحري والقبلي وأديرتهما وكنائسهما وكان يهتم بأحوالهما ويشجعهما ورتب في مدة رئاسته الذخيرة المقدسة في الكنيسة وهي جسد المسيح ودمه لأجل المرضي والمطروحين الذين لا يقدرون علي الحضور إلى الكنائس.

وكان البابا محبوبًا من جميع الناس وكانت الطوائف تأتي إليه وتتبارك منه كما كان موضع تكريمهم واحترامهم لأنه كان متواضعًا وديعًا محبًا رحومًا علي المساكين وكان بابه مفتوحًا للزائرين وملجأ للقاصدين والمترددين وكانت جميع أيام رئاسته هادئة وكان الله معه فخلصه من جميع أحزانه وأجاب طلباته وقبل دعواته وعاش في شيخوخة صالحة مرضية.

علاقته بالكاثوليك:

زار مصر في عهده قنصل فرنسي سنه 1692 اسمه (مولييه) وكتب كتابا عنها ذكر فيه عن الأقباط "أنهم أقل جهلًا وغشومة، ولكنهم منشئون بما يحسبه غيرهم هرطقة" وقال أيضًا "إن المسلمين الذين -مع ما كانوا عليه من المهارة والجدارة- لم يستطيعوا أن يخدموا إليهم واحدًا منهم، رغما عن طول بقائهم بينهم وعمل كل ما في وسعهم لإقناعهم".

"وأنه إذ لم يقو المرسلون على اجتذاب القبط إليهم بالإقناع دبروا حيلة أخرى، فصاروا يوزعون صدقات نقدية على من يحضر منهم إلى كنيستهم، فالتجأ إليهم جمع من الفقراء. ولما استبدل رئيس الدير بغيره ألغى التصديق بهذه الكيفية ولذلك لم يعد من الفقراء من يقترب من كنيسة الإفرنج".

ومما رواه هذا القنصل عن شده تمسك الأقباط بعقيدتهم هو أن لويس الرابع عشر ملك فرنسا طلب منه أن ينتخب ثلاثة شبان من الأقباط الأذكياء من عائلات طيبة ويرسلهم إلى فرنسا ليتعلموا على نفقة الحكومة الفرنسية، فلم يرض أغنياء الأقباط أو فقراؤهم أن يسلموا أولادهم خوفًا من أن يغيروا معتقدهم، وكان المرسلون اللاتين قد فتحوا مدارس لتعليم الشباب القبطي، فبمجرد إشاعة الخبر منع الأقباط أولادهم منها، فأصبحت خاوية، ولم يبق مع الكاثوليك سوى عدد قليل، وهم الذين أخذوهم من والديهم وهم أطفال من أولاد الفقراء وربوهم منذ نشأتهم على المعتقد الكاثوليكي، غير أن هذه الطريقة التي عمدوا إليها لم تنجح أيضًا، فإن كثيرين من أولاد الأقباط الذين علموهم في رومية عندما عادوا إلى أوطانهم شق عليهم ترك عقيدتهم الأصلية فعادوا إليها مرة أخرى.

فضلا عن ذلك فإنه لما أدرك الأقباط أن المرسلين الكاثوليك لا يأخذون أولادهم إشفاقا عليهم، وإنما ليلقنوهم المعتقد الكاثوليكي، فامتنعوا عن تقديم أولادهم لهم حتى الفقراء منهم "وحتى الذين كانوا جوعى وكنا نعطيهم طعاما، امتنعوا عن المجيء إلينا خوفًا على عقيدتهم". 

وكان بعض الأقباط التابعين لأسقف روما قد غشوه بأن بطريرك الأقباط أظهر رضاه عن مدراس الإيطاليين وأنه أمر أبناء رعيته بتعليم أولادهم فيها، فلما اطلع مواليه على الحقيقة أفهمه بأن البطريرك لم يكن يعترف بأعماله ولا بوجود المرسلين الإيطاليين بل كان يفترض عدم وجودهم بالمرة في البلاد.

ولما رأى الكاثوليك فشل مساعيهم في مصر تحولوا إلى الحبشة مرة أخرى، فبعد أن أرسلوا ثلاث إرساليات أخرى سنه 1706، أرسلوا بإيعاز من الملك لويس 19 ملك فرنسا طبيبا إلى الحبشة يدعى (دى رول) ليدبر بحسن سياسته مع ملكها تمهيد الطريق لليسوعيين لقبولهم فيها وكان معه ترجمان سورى يسمى "إلياس"، فلما وصلا إلى ستار قبض عليهما حاكمها وحجز عنده الطبيب وأطلق الترجمان كي يذهب إلى الملك ويطلب منه السماح بدخولها إلى الحبشة فرد عليه الملك أنه يسمح لهما إذا كانوا سياحا أما غير ذلك فلا، فلما رأى ملك سنار رد الملك قام بقتل اليسوعي.

ولما أكمل سعيه مرض قليلا وتوفي بسلام هو وحبيبه الأرخن الكريم جرجس أبو منصور في أسبوع واحد فحزن عليه الجميع وحضر جماعة الأساقفة والكهنة والأراخنة وحملوا جسده بكرامة عظيمة وصلوا عليه ودفنوه في مقبرة البطاركة بكنيسة مرقوريوس أبي سيفين بمصر القديمة في 10 بؤونه سنة 1434 ش. بعد أن جلس علي الكرسي أثنين وأربعين سنة وثلاثة أشهر