اُعتقل مع كثير من الإخوان المسلمين بعد اتهامهم بمحاولة اغتيال جمال عبد الناصر في ميدان المنشية بالإسكندرية في أكتوبر عام 1954، قضى ما يقرب من عامين في السجن وأُفرج عنه في أبريل عام 1956.

بدأ نشاطه التجاري بعد خروجه من المعتقل وأنهى دراسته الجامعية من كلية الزراعة جامعة الإسكندرية.

وفي أغسطس عام 1960 قرر ندا الهجرة من مصر، فذهب إلى ليبيا في البداية ومنها إلى النمسا، حيث بدأ نشاطه التجاري يتوسع بين البلدين، حتى لُقِّب نهاية الستينيات بأنه ملك الأسمنت في منطقة البحر المتوسط.

تمكن ندا من الهرب من ليبيا حينما اندلعت ثورة الفاتح من سبتمبر عام 1969 إلى اليونان، حيث التقى برئيسها (بابا ببلوس) ثم انتقل للإقامة في (كامبيونا) الإيطالية التي تقع داخل الحدود السويسرية، وما زال يقيم بها إلى الآن.

يوسف ندا يحمل الجنسية الإيطالية، وحصل على الجنسية التونسية في عهد صديقه الرئيس "الحبيب بورقيبة" في الستينيات.

وصفته وسائل الإعلام بـ(الرجل الغامض).. كما أنه ليس مجرد رجل أعمال مشهور أو رئيس لبنك التقوى الذي اتهمه رئيس الولايات المتحدة بدعم الإرهاب، ولكنه لعب طوال الـ25 سنة الماضية دوراً مهماً في جماعة الإخوان المسلمين.. فهو الذي رتب العلاقة بين الإخوان والثورة الإيرانية، وتوسط بين السعودية واليمن، والسعودية وإيران، وبذل مجهوداً غير عادي في حل الأزمة بين الحكومة الجزائرية وجبهة الإنقاذ.

لم يلعب يوسف ندا تلك الأدوار فقط، ولكنه قام بإمداد اليمن بوثائق مهمة ساعدتها في حل نزاعها مع إريتريا حول جزر حنيش، إضافة إلي ارتباطه بعلاقة صداقة بالملك "إدريس السنوسي" ملك ليبيا،  الذي قامت ضده ثورة الفاتح من سبتمبر بقيادة العقيد القذافي، وزاره ندا في مقر إقامته وله أدوار أخرى في تونس والعراق وتركيا وكردستان وماليزيا وإندونيسيا.

كان ندا عضوً في معهد بينمنزو أحد المؤسسات العلمية التابعة للأمم المتحدة، وتنتمي إليه شخصيات عالمية كثيرة، رؤساء دول سابقون، سياسيون كبار، وقام المعهد بتكريمه في أبريل عام 1997، وتم تجميد عضويته في المعهد بعد التحقيق معه

في نوفمبر عام 2001 اتهمه الرئيس الأمريكي جورج بوش بضلوع شركاته في دعم الإرهاب، وأُصدر قرارًا بتجميد أمواله وأصول شركاته، وبينها "بنك التقوى" بجزر البهاما الذي كان يرأس مجلس إدارته 

ظل "يوسف ندا" شخصية بعيدة عن الأضواء ووسائل الإعلام حتى يوم 7 نوفمبر 2001، عندما تحدث عنه الرئيس الأمريكي جورج بوش الابن، ووصفه ومؤسسته بأنه أحد داعمي الإرهاب في العالم، وأنه قام بتمويل أحداث سبتمبر.

وفي أواخر عام 2001 استصدرت الإدارة الأمريكية تحت رئاسة جورج بوش الابن قائمة من الأمم المتحدة، وضعت فيها أسماء مسلمين من جنسيات مختلفة، تتهمهم بدعم الإرهاب، بعد هجمات 11 سبتمبر 2001 وضمت القائمة يوسف ندا وغالب همت، فامتثل الادعاء العام السويسري لذلك فاستهدف "مؤسسة ندا للإدارة" المعروفة أيضا باسم "بنك التقوى"، ووضع أموال يوسف ندا وشريكه غالب همت وبعض أعضاء مجلس الإدارة والمقربين منهم تحت الحراسة، وفرضت عليهما الإقامة الجبرية مما أجبر ندا علي تصفية أعماله في سويسرا، وفي 29 سبتمبر 2009 أكدت وزارة الخارجية السويسرية أن مجلس الأمن الدولي شطب اسم يوسف ندا وغالب همت من قائمة الداعمين للإرهاب، وذلك بناء على طلب سويسري. وتم شطب الأسماء بعدما لم يتمكن الادعاء العام السويسري من العثور على أي دليل على إدانتهم بعد أن صادر عشرات الآلاف من الوثائق، كما لم تتمكن الإدارة الأمريكية من تقديم ما قالت إنها أدلة تدين ضلوعهم في دعم "الإرهاب" ورغم تعليق الادعاء العام السويسري لجميع التحقيقات الخاصة بملف مؤسسة التقوى منذ مايو 2005م بموجب حكم ملزم من المحكمة الاتحادية العليا السويسرية، وتبعتها إيطاليا في عام 2007م لعدم توافر الأدلة، فإن الإدارة الأمريكية رفضت شطبهما من "القوائم السوداء".