قاسى شدائد كثيرة من المخالفين له في الدين وفي الرأي، ونفي من كرسيه مرة ثم عاد وكان في نفيه مداومًا على تعليم شعبه ووعظه بالرسائل وفي حضوره بأقواله. إنه البابا بطرس الثالث وكان يلقب بـ"بطرس منخوس". كان قبل رسامته قسًا في دير، وكان تلميذ البابا ديسقوروس وكان صديقًا لسلفه البابا تيموثاوس. أقيم بطريرك في توت سنة 219 ش. و477 م. في عهد زينون قيصر. ولم يعتلِ الكرسي البطريركي حتى عقد مجمعًا بالإسكندرية حرم فيه مجمع خلقيدون الذي اعتبر ان المسيح له طبيعتين إنسانية والهية ورسالة لاون. وكان القيصر الأرثوذكسي باسيليكوس قد نزل عن الكرسي ورجع إلية زينون، الخلقيدوني وكان هذا مغتاظا على البابا بطرس؛ لأنه عين بطريركًا بدون تصريح منه، فأخذ هذا المجمع وسيله لاضطهاده فأمر بنفيه ورجوع تيموثاوس صاحب القلنسوة البيضاء.

إلا أن البابا بطرس لم يفارق الإسكندرية بل لبث مختفيا فيها مدة خمس سنوات، ومنعًا للقلاقل فكر تيموثاوس أن يعين قاعدة يجرى بموجبها انتخاب البطاركة بالإسكندرية، فتألف وفد يرأسه رجل يدعى يوحنا التلاوي لمقابلة القيصر ليرجوه أن يترك الحرية للأقباط في انتخاب بطاركتهم، فظن القيصر أن يوحنا رئيس الوفد يسعى في الحصول على البطريركية ضد رغبته، فحلف يوحنا أمامه بأنه لا ينبغي ذلك ولهذا أجاب القيصر طلب الوفد حيث أنه بعد موت تيموثاوس سنة 482 م. رشح يوحنا نفسه لمركز البطريركية وأرسل بخصوص هذا الشأن إلى أسقف رومية والقيصر وبطريرك القسطنطينية.

فوصلت رسالة أسقف رومية أولا مما أثار غضب القيصر لمكاتبته أسقف رومية قبله، وتذكر وعده بعدم قبول البطريركية فأرسل القيصر إلى أسقف يعلمه بأنه غير راضى على انتخاب يوحنا لبطريركية الإسكندرية لأن ذلك يدعو إلى زيادة الاضطرابات وأنه عازم على إعادة بطرس بطريركها الحقيقي، فانتفخ أسقف رومية وتوهم أنه له الحق للرئاسة في انتخاب باباوات الإسكندرية عندما وصلت إليه رسالة يوحنا، ولذلك جاوب القيصر بأنه راضى عن يوحنا لا بطرس فاستخف القيصر بأوهامه الفارغة وطرح خطابه في سلة المهملات وأمر بنفي يوحنا وورد البابا بطرس من منفاه.

وبعد رجوع البابا بطرس من منفاه تلقى رسالة من أكاكيوس بطريرك القسطنطينية يرجوه فيها أن يقبله متى أمكنه، وكان اكاكيوس من أنصار مجمع خلقيدون ولكنه ندم فيما بعد وأراد أن ينضم للأرثوذكسيين. لذا تم مبادلة رسائل بين البابا بطرس وبين اكاكيوس بطريرك القسطنطينية بطلب الاتحاد، ثم تم انعقاد مجمع في العاصمة بسبب ذلك لصدور منشور الاتحاد من الإمبراطور زينون ثم تبادلا رسائل التهاني بين البطريركين، ثم حدث انشقاق في كنيسة الإسكندرية بسبب هذا الاتحاد. ثم وجهوا اتهام إلى البابا بطرس بأنه زاد على الثلاث تقديسات العبارة الأخيرة التي تتضمن ولادة المسيح الإله وصلبه وموته وقيامته، وأمر الكنائس أن ترتلها على هذه النهاية.

وبدأت العديد من الكنائس القبطية والأرمنية والحبشية والسريانية تتلوها، ونفيًا لهذه التهمة وإثباتا لكون هذه التقديسات لم يطرأ عليها تغيير بزيادة أو نقص كما نتلوها نحن؛ وهي قدوس ثلاث مرات معتبرين قدوس الله للأب وقدوس القوى للابن القدوس الذي لا يموت للروح القدس، ولأنها قديمة الوضع والترتيب ورسوليه العهد، وأن الواضع لها هو أغناطيوس التاوقوزى والآمر بترتيلها قبل قراءة الإنجيل.

ثم توفي أكاكيوس وجاء بعده افراويطارس ولم تطل حياته، فخلفه اوفيسيوس فأرسل إليه البابا بطرس خطابًا عن رسائل سلفه افراوطارس يحرم فيه المجمع الرابع. وكان اوفيسيوس هذا على مذهب الملكيين، فقطع العلاقات الأرثوذكسية مع البابا بطرس.

والذين اتحدوا مع باباوات الإسكندرية جهارًا مع بطاركة القسطنطينية هم: افرام يطارس سنه 461 م. - تيموثاوس سنة 511 م. - انتيموس سنة 535 م. - سرجيوس سنة 608 م. - بيروس سنة 643 م. - بطرس سنة 652 م. - توما سنة 656 م - ثيؤذوروس سنة 666 م. - يوحنا سنة 712 م. واستمر هذا البابا على كرسيه مدة ثمان سنوات وثلاث شهور ثم لحق بآبائه في هاتور سنة 225 ش. وأكتوبر سنة 490 م.